Chlamydia trachomatis vyvolává nejrůznější zánětlivá onemocnění pohlavních a močových orgánů. U mužů se po inkubační době (10-20 dní) projeví uretritida (nekapavčitá uretritida) - dysurie a nažloutlý výtok různé intenzity od ranní kapavky, zavlhnutí až po profusní výtok. Příznaky obvykle připomínají lehčí průběh kapavky. Pokud není onemocnění léčeno, může vést k epidydimis s bolestivým zduřením varlete, prostatitidě nebo proctitidě, případně konjuktivitidě. Až u 50 % mužů však bývá infekce symptomatická.
U žen vyvolává Chlamydia trachomatis kmeny D – K cervicitidu, asymptomatický průběh bývá až u 80 % žen. Komplikace neléčené infekce mohou vést k závažným gynekologickým zánětům s následným rizikem mimoděložního těhotenství nebo neplodnosti. Občas při porodu dochází k přenosu chlamydií na novorozence, kde jsou vstupní branou oční spojivky a nosohltan.